พวกโคนันไปขึ้นรถด่วนพิเศษ มิสทรี่ เทรนที่จะจัดคดีปริศนาให้ทุกคนได้เล่น แต่อยู่ๆก็เกิดเหตุฆาตกรรมขึ้นในห้องปิดตาย แถมบนรถขบวนนั้นยังมีคนของพวกชุดดำที่มาตามล่าหาตัวไฮบาระอีกด้วย