พวกโคนันไปเกียวโตและได้แวะซื้อขนม แต่ว่าเกิดเรื่องประหลาดเพราะรสช๊อกโกแล็ตหายไป ทุกคนจึงออกสืบหาว่าขนมหายไปได้อย่างไร จนกระทั่งพบว่า มันไม่ได้หาย เพียงแต่ไม่มีมาแต่แรกแล้วเท่านั้น