พวกโคนันถูกชวนไปหาสมบัติในบ้านเคียวโดซึ่งมีหอคอยสีดำที่ไม่มีหน้าต่างหรือประตู ตามข่าวลือว่ากันว่ามีสมบัติซ่อนอยู่ในนั้น คนบ้านเคียวโดเองก็ต้องการสมบัติเพื่อกอบกู้ธุรกิจของตัวเอง หนึ่งในคนที่เชื่อว่ามีจริงคือคุณนายบ้านนั้น เธอตามผู้ช่วยที่ชื่อนานาเสะเข้าไปในโกดัง และถูกพบเป็นศพที่ตกจากหอคอยในเวลาต่อมา พวกโคนันเองก็หายไปทีละคน โคนันจึงต้องออกตามหาและไขปริศนาหอคอยไปด้วย