จู่ ๆ มีผู้หญิงคนหนึ่งอ้างตัวว่าเป็นแม่ของโคนันแล้วรับตัวโคนันไป แต่สิ่งที่โคนันตกใจยิ่งกว่าคือผู้หญิงแปลกหน้าคนนี้ยังรู้ความลับว่าที่จริงเขาคือ คุโด้ ชินอิจิ ที่ตัวหดเล็กลงเพราะยาขององค์กรชุดดำ หรือคนขององค์กรชุดดำจับได้แล้วว่าชินอิจิยังมีชีวิตอยู่