อายูมิได้เจอหนังสือที่มีหน้าหนึ่งถูกฉีกไป และขอให้โคนันช่วยหาหน้าที่หายไป โคนันกับอายูมิจึงได้เริ่มออกหาเด็กชายชื่อ “ไนโต สึคาสะ” และพบว่าสึคาสะหยุดเรียนโดยไม่ได้ลา ทางด้านหนึ่ง เก็นตะก็ไปชนกับผู้ชายแปลกหน้าเข้าให้ การตามหาความจริงเกี่ยวกับสึคาสะและหน้าหนังสือที่หายไปก็ได้เริ่มขึ้นแล้ว