อาเมมิยะ โชโกะ นักเรียนหญิงชั้น ป.4 ที่ทั้งฉลาดและเยือกเย็นคล้ายกับไฮบาระเกิดหายตัวไปซะงั้น ขบวนการนักสืบเยาวชนจึงตามหาเบาะแสว่าแท้ที่จริงเป็นเจตนาของเธอเองหรือมีผู้ประสงค์ร้ายกันแน่ เพราะการที่นักเรียนหญิงคนนนั้นคล้ายกับไฮบาระทำให้โคนันอดสังหรณ์ใจไม่ได้ว่าอาจเกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ