พวกโคนันไปห้องสมุดและบังเอิญได้พบนักวิจัยแมงมุม ซึ่งต่อมาก็เกิดเรื่องเมื่อมีศาสตราจารย์ถูกพิษแมงมุมกัด แต่ว่ามีบางอย่างที่เป็นร่องรอยน่าสงสัยให้เหตุการณ์พลิกเป็นฆาตกรรมโดยใช้พิษแมงมุม