โคนันสังเกตุเห็นสิ่งผิดปกติและไขปริศนาต่างๆ ทีละข้อได้โดยอาศัยโคโกโร่นิทราอย่างที่ผ่านมา ซึ่งปริศนาบ้านผีสิงในครั้งนี้ก็ไปเชื่อมโยงกับคดีฆาตกรรมที่เคยเกิดขึ้นเมื่อในอดีต