X คือโจทย์ที่อาจารย์โจดี้กำชับรันว่าต้องหาคำตอบให้ได้พร้อมทั้งยังบอกว่าเป็นเครื่องหมายที่วิเศษมาก...ขณะที่รัน โซโนโกะและโคนันได้พบกับอาจารย์โจดี้โดยบังเอิญ จู่ ๆ ก็มีการฆาตกรรมเกิดขึ้น โดยผู้ตายกอดเอกสารที่เขียนด้วยเครื่องหมายวงกลม กากบาท และสามเหลี่ยม ซึ่งทั้ง 4 คนก็ไม่มั่นใจว่าหมายความว่าอย่างไรกันแน่ !?