โคนันสังเกตุว่าที่เกิดเหตุมีลักษณะผิดธรรมชาติ อีกทั้งมีใครบางคนที่เขาไปสอบถามใช้คำพูดแปลกๆ ออกมา เมื่อไตร่ตรองสิ่งที่มีอยู่และสิ่งที่คาดการณ์ไว้ โคนันก็เชื่อมโยงไปถึงตัวคนร้ายที่อยู่บนขบวนรถไฟชินคันเซ็นขบวนนี้