โคนันคืนร่างเป็นชินอิจิเพื่อสืบหาคดี แต่ออกไปไหนไม่ได้เพราะยาอาจจะหมดฤทธิ์กลางทาง รันและโคโกโร่จึงออกไปตามหาสถานที่ตามปริศนาและพบกับตัวหนังสือในที่ต่างๆ เมื่อเอามารวมกันก็คือ….