การปรากฏตัวของ'ไฮบาระ ไอ' นักเรียนที่ย้ายเข้ามาใหม่ ช่างพอดิบพอดีกับที่ขบวนการนักสืบเยาวชนต้องไขคดีของเด็กที่ชื่อ'โทชิยะ' ที่มาขอให้ช่วยตามหาพี่ชายที่หายไปเมื่อ 1 อาทิตย์ก่อน โคนันไม่มีทางเลือกจึงต้องตามน้ำช่วยไขคดีและเมื่อตามเบาะแสที่เป็นแบงค์ปลอม ทำให้เขาได้พบกับผู้หญิงหมวกดำซึ่งโคนันคาดว่าเธออาจเป็นหนึ่งในองค์กรชุดดำ ทว่าเมื่อจับได้คาหนังคาเขาผู้หญิงหมวกดำกลับไม่มีความเกี่ยวข้องอะไรเลย...กระทั่งไฮบาระบอกบางอย่างให้โคนันรู้ 'อาโพท็อกซิน 4869 ยาที่นายถูกจับกรอกเข้าปาก ฉันเป็นคนทำขึ้นมาเอง...เชอร์รี่เป็นโค้ดเนมของฉัน...คุโด้ ชินอิจิ' !!!