โคโกโร่ โคนันและรันมาเที่ยวชมซากุระป่าระหว่างทางขากลับรถเกิดยางแตกและฝนตกหนักมาก ทำให้ทั้งสามต้องเข้าไปขอค้างคืนในวัดแห่งหนึ่งซึ่งเช้าวันต่อมาก็พบว่าเจ้าอาวาสได้ถูกฆาตรกรรมเสียแล้ว!! หรือตำนานคิริเทนงูที่น่าสยดสยองที่ไม่น่าจะเป็นไปได้และยากที่จะเข้าใจเกิดขึ้นแล้วในวัดป่าที่ห่างไกลผู้คนแห่งนี้