ขากลับจากทัวร์บ่อพุร้อน พวกโคนันต้องนั่งรถไฟจากยุโนะยามะไปฮานาโนะมาจิเพื่อต่อรถไปยังโตเกียว ในระหว่างทางได้เกิดคดีฆาตรกรรมขึ้น ดูเผิน ๆ อาจจะเป็นการฆ่าตัวตายหรืออุบัติเหตุแต่มีหลักฐานบางอย่างที่บอกว่านี่เป็นคดีฆาตกรรม