เกิดคดีลอบวางระเบิดในรถของ เมกุมิ ซึ่งเป็นศิษย์เก่าของโคโกโร่ แม้เธอจะปลอดภัยแต่น้องสาวของเธอกลับต้องมารับเคราะห์แทน เดิมทีคดีควรจะจบไปแล้วเพราะทางตำรวจจับกุมคนวางระเบิดได้ ขณะที่โคนันรู้สึกคลางแคลงใจเขาพบเบาะแสที่ชี้ชัดว่าศิษย์เก่าของโคโกโร่นั่นแหละเป็นฆาตกร โคนันใช้วิธีบอกใบ้เพื่อให้โคโกโร่สืบหาความจริงอีกครั้งและเมื่อโคโกโร่หาเบาะแสเพิ่มเติมสิ่งที่เขาทำต่อไปก็คือ...