พวกโคนันมาดูดอกไม้ที่ศาลเจ้าแห่งหนึ่ง ระหว่างนั้นโคนันนัดคุยกับ โจดี้ เจ้าหน้าที่ FBI เรื่องผู้ชายที่หน้าตาเหมือนอากาอิและมีแผลเป็นบนใบหน้าไม่ใช่ตัวจริง หลังจากนั้นก็เกิดคดีฆาตรกรรมขึ้นโดยผู้เคราะห์ร้ายเป็นโจรล้วงกระเป๋าชื่อ คุโรเบ้ หรือ อิคุโยะ ยาทานิ ซึ่งสภาพศพถูกตีด้วยท่อยาว 30 เซนติเมตรจนถึงแก่ชีวิตและมีเหรียญห้าเยนสีดำวางไว้ข้างตัว นอกจากนั้นในกระเป๋าเสื้อของเขายังมีเครื่องส่งสัญญาณ GPS ซ่อนอยู่....ทว่าโคนันกลับคาดไม่ถึงว่าเหรียญห้าเยนสีดำกลับนำไปสู่ตัวตนคนขององค์กรชุดดำที่ปลอมตัวมาซึ่งก็คือ เบอร์เบิ้นและเบลม็อทต้องที่การแน่ใจว่าอากาอิ ชูอิจิ ตายแล้วจริงๆ