คุโด้ ชินอิจิเป็นยอดนักสืบแม้อยู่เพียงชั้นม.ปลาย วันหนึ่งเขาถูกกรอกยาพิษโดยชายชุดดำ ผลคือตัวเขาเล็กลงกลายเป็นเด็กประถม เพื่อสืบหาเบาะแสและยาแก้พิษกลับคืนร่างเดิมเขาจึงเข้าไปอยู่ที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโร่ พ่อของเพื่อนสาวคนสนิท โมริ รันและคอยช่วยสืบคดีต่างๆมากมายอยู่เบื้องหลัง