หลายปีหลังจากที่อุลตร้าแมนไกอาและอุลตร้าแมนอากูลปราบผู้นำมาซึ่งความวิบัติได้สำเร็จและกลับสู่ภาวะสงบสุข แต่กลับตรวจพบสัญญาณประหลาดจากใต้ท้องทะเล ทั้งสองจึงต้องกลับมาร่วมกันพิทักษ์โลกอีกครั้ง