โคโกโร่ ถูกจับกุมในฐานะผู้ต้องสงสัยระเบิดที่ "Edge of Ocean" โคนันต้องค้นหาและเปิดโปงผู้ร้ายตัวจริง และตามสืบพฤติกรรมที่น่าสงสัยของ อามุโระ โทรุ รหัสลับซีโร่ว่าเป็นมิตรหรือศัตรู