เกิดเหตุการณ์ที่ไคจูปรากฏตัวพร้อมกันหลายจุดทั่วกรุงโตเกียว หน่วยที่ 1 ของนารุมิ และ หน่วยที่ 3 ของมินะถูกส่งออกไปรับมือทันที แต่สถานการณ์กลับไม่จำกัดอยู่แค่ในโตเกียวเท่านั้น เพราะไคจูในแต่ละพื้นที่เริ่มโจมตีสิ่งก่อสร้างสำคัญทั่วประเทศญี่ปุ่นอย่างพร้อมเพรียง ในการเผชิญหน้ากับภัยพิบัติหมู่ที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อนครั้งนี้ ผู้ที่ลุกขึ้นสู้คือเหล่า ยอดฝีมือผู้ควบคุมอาวุธไคจูชนิดพิเศษ (นัมเบอร์ส) และพลังของคนหนุ่มสาวที่ผ่านการฝึกฝนมาอย่างเข้มงวด ถึงเวลาที่กองกำลังป้องกันญี่ปุ่นยุคใหม ซึ่งสืบทอดเจตนารมณ์ของอิซาโอะจะออกปฏิบัติการแล้ว