อเล็กซ์ สิงโตเจ้าป่า และเป็นดาราประจำสวนสัตว์ในนครนิวยอร์กแห่งนี้ มีเพื่อนซี้คือมาร์ตี้ม้าลายเป็นทั้งช่างฝันและผจญภัยนอกโลก เมลเมน ยีราฟที่ถูกส่งตัวมาอยู่ที่เซ็ลทรัลพาร์คในนิวยอร์กตั้งแต่ยังเด็กๆและคิดว่าตัวเองเป็นพวกรอบรู้ไปหมดทุกอย่าง และ กลอเรีย ฮิปโปโปเตมัสสาว ที่เกิดในสวนสัตว์นี้ โดยมีแก็งค์แพนกวินคอยตรวจสอบและช่วยเหลือ ตกกลางคืน มาร์ตี้ก็หนีออกจากสวนสัตว์ ทุกคนตกใจเห็นมาร์ตี้ม้าลายนหายตัวไปจากสวนสัตว์ แต่ทว่าจะหาเจอ จนทุกคนหามาร์ตี้ มาร์ตี้ได้ไปสถานที่สำคัญในนครนิวยอร์ก และมาร์ตี้ได้ไปสถานีรถไฟแกรนด์เซ็นทรัล พวกเขาได้ไปช่วยเหลือมาร์ตี้ จนพวกตำรวจได้ยิงใส่ปาลูกดอก และได้มีแก็งค์เพนกวินได้ขับเรือส่งสินค้า พอขับเรือ เรือจะเอียง ไปเอียงมา จนที่ขังสัตว์ตกไปในทะเลและล่องลอยไป อเล็กซ์พบเกาะแห่งอีกแห่งหนึ่งเป็นตัวแรก โชคดีอเล็กซ์ได้พบกับ เมลแมน กอลเรีย และ มาร์ตี้อีกครั้ง พอทั้งหมดเห็นว่าเกาะนี้เกาะอะไร จนพวกเค้าเข้าไปดูซึ่งพวกเค้าได้เห็นลิงลีเมอร์ทั้งฝูง และต้องการความช่วยเหลือจาก พระราชาลีเมอร์ที่จะปราบ วูเซล ให้ได้ อเล็กซ์หาทางที่จะกลับไปบ้านเกิดของเขา แต่มันไม่ได้ผลอะไรเลยที่เมลแมนคาบคบไฟมาเผาไว้ตอนที่เมลแมนกลัวไฟ อเล็กซ์ใช้ความดุร้ายมาขู่พวกวีเซลมาร์ตี้เล่าให้เขาฟังจนเขามีสติกลับคืนมาได้ จนอเล็กซ์ได้ไปจัดการกับพวก วูเซล และได้ทำภารกิจเสร็จในที่สุด ที่เกาะมาดากัสการ์พระราชาและพวกลีเมอร์นี้กล่าวคำอำลาพวกทั้ง 4 ที่มาเยือนเกาะแห่งนี้ รวมถึงแก๊งค์เพนกวินโบกมือกับพวกเค้าด้วย